El nuevo campeón del Campeonato Nacional Interligas y ascendido a la División Intermedia 2024, Encarnacena; tuvo en su camino a dos selecciones del Alto Paraná, Minguera y Franqueña. En el arranque de la etapa inter departamental, Minguera fue su adversario. Como había logrado el cetro a nivel regional, Encarnacena tenía la posibilidad de definir en casa. En el primer lance, jugado en Minga Guazú; el encuentro finalizó 2-0 a favor del Albirrojo del Sur. En la revancha, Minguera estuvo muy cerca de forzar los penales, sin embargo, a minutos del final del partido llegó la paridad de Encarnacena, para sellar así la clasificación.
En octavos de final, había quedado afuera, pero; por una protesta, por una deuda de poco más de trescientos mil guaraníes, Misionera del Sur quedó al margen, avanzando Encarnacena. En cuartos de final, tuvo como rival a Franqueña, que en su primera participación llegó entre los ocho mejores del certamen.
En juego de ida, Encarnacena superó a Franqueña por la cuenta de 2-1. En la revancha, Franqueña no pudo dar vuelta la página, quedando igualado el cotejo 1-1, avanzando así Encarnacena a la etapa siguiente. Pasó de la Liga Agrícola a través de los penales y; en la final por el ascenso ante Horqueteña terminó mostrando toda su jerarquía, para golear y conquistar la primera estrella de su historial, en 104 años de fundación.
